秘密行动组第三季开始，Jonas在逃往巴拿马时被政府刺客盯梢。在华盛顿，Col. Ryan尝试去搞清晰谁是试图拆散秘密行动组的幕后黑手，想要懂得接近白费的答案。回基天时，Tiffy去监狱看望悲惨的Mack，希望能拯救他们天性的婚姻。Kim把孩子安适好之后回到德克萨斯的家。最后，Jonas和他的团队一边逃避被追捕，一边尝试找出秘密组织瓦解背后主谋的身份。他们还要搜寻被关在隐秘位置受着折磨的Mack。回到基天，Kim被CIA监视着，Jonas委任她一个很支撑的任务......