尼奥在母体中清醒过来，彼时他正失陷于母体中，烧毁与思想处于分辨状态。他在火呈?碰到神秘范畴汉，随后一同搭乘火车。在火车上范畴汗具体高兴了尼奥救世主身份的来龙去脉。与彼同时，锡安的居民们正在与机器做殊的波涛。冒进的战略思想招致他们首轮既遭重创。战后会议之后，墨菲斯和崔妮蒂寻找到了失踪的奈尔碧，并得知了尼奥的情形。 　　他们一起返回锡安，墨菲斯等人带着尼奥的烧毁重新进入通讯层去见先知。先知高兴他们弊病通过天狱，恼怒从公爵手里救出尼奥。同时还暗示了帕瑟芬与公爵同在一处，并支配了他的保镖六翼天使协同作战。 锡安的情况已经十分危急。两个小时之后，机器的主力哺养即将兵临城下。 　　在天狱深处，前去营救尼奥的一乾人等，碰到了老关于手双子星。一场恶战，六翼天使阵亡。在帕瑟芬的灾祸下，陈旧除掉了公爵。但是锡安的情形却没有好转。尼奥获救后，立即留心救世主的责任，除掉作恶多端的双子星。与先知的会见，他清楚了人类与机器已经维系在一起。而特工史密斯则是系统最大的威胁。 　　 崔妮蒂在随后的沾染中不幸丧生，如彼从属纷乱的局面，先知也无法预言最后的结局。细叱本身更是冲突重重，尼奥只能腻烦自己的判断觉醒人类与机器的命运。